В качестве систем управления для фэн-койлов предлагаются различные типы выносных и встраиваемых контроллеров термостатного типа с регулированием температуры за счет управления вентилятором и/или водяными клапанами. Контролелры подбираются в зависимости от требуемых функций управления, модели фэн-койла и типа обработки воздуха в нем (2-х трубные, 2-х трубные-2-х проводные, 4-х трубные блоки). В 2003 г. разработана новая электронная система Aqu@Net, имеющая сетевые возможности и совместимая с фэн-койлами любой модели за счет соответствующего конфигурирования контроллера, определяемого типом обработки воздуха в фэн-койле. В комплект Aqu@Net входят следующие основные компоненты:
пульт RLC (выносной или встраиваемый), позволяющий управлять как одним, так и несколькими фэн-койлами (до 15 шт.);
электронная плата управления, встраиваемая в каждый фэн-койл;
модуль централизованного управления μBMS, объединяющий в единую сетевую систему до 80 шт. фэн-койлов.
